GROMACS »

分子动力学软件的一些信息 NAMD

NAMD
NAMD是一款并行的轻量级软件,并行当然是指可以多线程多CPU运行,轻量级是指整个可执行程序才3mb(压缩)“小“,起初因为我的机子是单CPU所以选择了gromacs,现在由于计算需要(smd),又开始用NAMD,这时我才发现他不光是free的,而且具有诸多优点:
1,容易上手.
   对于一个新手来说安装不上,是非常恼人的,而NAMD在windows和linux平台下都有现成的可执行程序,下下来直接用就行了!当然如果你想自己编译也可以,注册一下就可以得到源码。另一点很重要,就是有丰富的资料和example,以前用别的MD最让人烦恼的就是,光看说明书就是弄不出来,而NAMD针对每一种方法都有详细的example,包你能跑出个结果。
2,灵活
NAMD提供可编程的TCL,大家不要小瞧了这个功能,许多MD的方法都是概念性的,软件开发的人不可能很快就跟上潮流,于是社群里的牛人们就利用TCL将各种新的算法弄出来了!我用的SMD方法虽说很成熟了,但涉及到哪些基团固定在一起牵引,选者距离参数,等等都靠自己编写代码完成。
3,快
   我一个41639个原子的体系,16ps,10个样,不到一天跑完。
4,补充
    也可以用来做QM/MM计算,目前有人用NAMD+Gamess-us

NAMD网址:http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
以上资料均由KLAG Bioinformatics Lab提供,转载请注明出处。

发表评论:

◎欢迎参与讨论,请在这里发表您的看法、交流您的观点。