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AMBER


   AMBER 是一款半商业性的软件,根据有关报道,AMBER是做生物大分子模拟的首选软件。起初因为需要花钱我就没有选择他,现在迫于需要终于申请到了一个waiver版。我的计算中需要用到QM/MM功能。而其他的MD软件要么没有(NAMD),要么需要安装量化软件(GROMACS)。当然AMBER9也有SMD功能。初次运行AMBER感觉还可以。
1,安装容易
    在linux下从源码安装,步骤简单,按照说明来就行了,编译速度也很快。
2,force field容易加载
    现在流行的force field主要有amber和charmm的,在
AMBER Parameter Database
有稀有分子,配体的force field,只需下载你所需要的,然后在执行tleap后用
loadAmberParams、 
loadAmberPrep、
loadOff
   把相应文件导入就行了。需要注意的是PDB文件不要带氢原子,C端的OXT要去掉。
质子化的残基要自己在PDB中修改好。
3,有许多例子
    amber提供在线的教程Amber Tutorials
。同时在test目录下有许多例子,都可以现学现用。
4,QM/MM功能
    这是很吸引人的功能,目前正在研究中。

更多详情请参看:http://amber.scripps.edu
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